Der Bodengrund hat nicht allein die Funktion, den Pflanzen ein Substrat zum Wurzeln zu bieten, sondern kann bei geeignetem Aufbau und Material wichtige biologisch-stabilisierende Eigenschaften übernehmen.Dazu zählt auch seine Eigenschaft, als Filter zu wirken. Die Seitenansicht durch die Scheibe auf den Bodengrund zeigt deutlich, daß sich nach einer längeren Einfahrzeit relativ scharf voneinander abgegrenzte Schichten bilden. Das verwendete Material ist homogen und besteht aus Sand in der Körnung 0 bis 2 mm. Nach dem Einbringen hat er sich im Laufe der Zeit entmischt, wobei die größeren Körnchen an die Oberfläche getrieben wurden, weil sie jeweils von den nächst kleineren unterwandert wurden. Unten befindet sich also das feinste Material. Da das Bild eine Gegenlichtaufnahme ohne Blitzlicht ist, erscheinen die Schichten viel dunkler, als sie in Wirklichkeit sind. Die unterste Schicht ist somit in der Realität nicht schwarz, sondern umbrafarben mit schwarzbraunen Eisensulfidadern.

Die obere, helle Schicht steht unmittelbar mit dem freien Aquarienwasser in Verbindung und beherbergt aerobe Bakterien, die mit dem im Wasser gelösten Sauerstoff organische Substanzen abbauen, die in die locker liegende Schicht eindringen.

In der Mitte befindet sich eine dunklere Schicht, in der vorwiegend anaerobe Bakterien leben, die Nitrat veratmen und organische Stoffe, die in der oberen Schicht erzeugt werden, als Nahrung verwerten. Dabei wird Stickstoff molekular als aufsteigende Gasbläschen freigesetzt.

In der untersten Schicht leben die Bakterien, die Sulfate veratmen, d.h., den Sauerstoff aus den Sulfaten auslösen und dadurch z.B. Eisensulfid in dieser Schicht ablagern, welches wiederum von den Pflanzenwurzeln erschlossen werden kann.

Es wird immer wieder die Frage gestellt, welchen Sinn in hierbei eine Bodenheizung haben könnte. Nun, davon ist generell nur abzuraten; denn die Bakterien brauchen, um sich vermehren zu können, Temperaturen unter 32 Grad C. Ist das Gefüge des Sandes relativ dicht, kann das entstehende warme Wasser nicht schnell genug abgeführt werden und erzeugt lokal Temperaturen, bei denen die Baktereien absterben und die Gefahr besteht, daß sich giftige Pilze bilden. Ist der Sand aber grobkörnig, wandern ungelöste organische Substanzen bis auf die Bodenscheibe und erzeugen ein giftiges Milieu, das durch die Aufheizung noch verstärkt wird. Solche Becken müssen in der Regel einmal im Jahr völlig ausgeräumt werden.